قليلا ما يعرف عن دورات تكاثر الخفافيش لتنوع أنواعها وانتشارها بالعالم مما لا يمكن حصر أو دراسة الخفافيش ولاسيما في البراري. لهذا يصعب تعميم القول عن حياتها. ومن بين الأنواع التي درست تماما وجد أن كقيرين لها نشاط جنسي سنوي.ومعظم الأنواع مزواجة فيمكن للفرد أن ينكح العديد. وأنواع كثيرة من الإناث الحوامل تهاجر إلي مستوطنات تضم مئات الإناث الحوامل. وهذه المستوطنات أكثر دفئا من المستوطنات العادية. وهذا يساعد علي نمو الجنين بسرعة داخل وخارج الرحم.وفترة حمل الخفاش تتراوح ما بين 40 يوم و8 شهور. ومعظمها تلد واحد مرة سنويا والبعض يلد توأما. والخفاش ذات الذيل الشعري يلد ثلاثة.
ودورات الإخصاب للخفافيش التي تبيت بياتا شتويا أحيانا تنقطع. وبعض الخفافيش منها ما يتزاوج في الخريف كالخفافيش البنية الصغيرة وبعدها يبيت بياتا شتويا في شهور الشتاء.وتبقي الحيوانات المنوية كامنة في الإناث حني تنهض في الربيع فتقوم هذه الحيوانات بتخصيب البويضة. وفي خفافيش أخرى كخفاش الفاكهة الأصفر الباهت وخفاش الفاكهة المكسيكي يحدث الإخصاب في الحال بعد النكاح لكن تتوقف البويضة المخصبة عن النمو لعدة شهور.
وتلد الخفافيش حيث ينزل الوليد من ناحية المقعد للإقلال من فرصة تعلق الأجنحة بقناة الولادة. والوليد يكون كبيرا نسبيا ويزن من 25 إلي 30% من وزن الأم. ويظل الوليد رأسه من فوق لتحت (بالمقلوب) في الأيام الأولي القليلة ليرضع من ثدي أمه. وحيث معظم الخفافيش تلد واحدا. وهذا سوف يقلق توازنها لو أن وليدها الجديد تعلق من جانب واحد. ولعلاج هذا الخلل يتعلق الوليد بزاوية عبر صدرها.وفمه يمسك ثديا واحدا ورجلاه الخلفيتان تمسك جسم الأم من تحت الإبط. وكل أنواع الخفافيش نجد الأمهات تعتني بوليدها. والأمهات تغذي الوليد فترة رعايته.ولكنها لا يمكنها أن تصطاد وهي حاملة له. لهذا تترك الصغار في الحضانة بالمستوطنة لعدة ساعات كل يوم. وعندما تعود للحضانة فعليها التعرف علي طفلها من بين الزحام الذي يضم أطفالا غرباء وكلهم متشابهون. وتتعرف عليه من تذكرها للمكان الذي تركته به ورائحته المميزة وصوت صياحه. فالخفاشة الأم المكسيكية ذات الذيل الحر يمكنها التقاط طفلها من بين 3000 طفل في المتر المربع بالكهف وكلهم متشابهون. وفي عام 1994 اكتشف العلماء عشر ذكور من خفاش الفاكهة من نوع دياك Dayak بماليزيا. واكتشفوا أن أثداءها مملوءة باللبن. ولا يعرف هل ترضع الصغار ولو كان، فيعتبر هذا شذوذا لأنه من المعروف أن الذكور من الخفافيش لاتعتني بصغارها. وستكون الحيوان الثديي الذكر الوحيد الذي يرضع مواليده. والخفافيش الصغيرة تنمو بسرعة، فبعض الأنواع تتعلم الطيران والسعي بعد 18 يوم. عكس صغا ر خفاش مصاص الدماء تحتاج لعناية والرضاعة لمدة 6 – 9 شهور من الولادة. وتتجنب الخفافيش المفترسين كالحداة والصقور والبوم والسناجب والكلاب البرية والقطط والأفاعي. ويمكن الخفافيش التعرض للأمراض وحوادث الطيران. وقد تعيش من 10 – 20 سنة حسب نوعها. والخفاش البني قد تطول حياته إلي 32سنة، ولاشك أن الخفافيش في العالم تواجه محنة الانقراض الجماعي لتدمير المراعي ومواطنها وسوء استخدام المبيدات الحشرية السامة. والإنسان يتضايق منها لأنها تسبب له الخوف والإزعاج فيقتلها وكان يعرف في قديم الزمن أن الخفاش يتغذى على الإنسان وهذا غير صحيح.و كان يوجد 30 مليون خفاش بكهف بالغابة القومية بجنوب شرق أريزونا. لكن ما بين عامي 1963 و1970 انخفض العدد ليصبح 30 ألف. وقد سجل في كل القارات والجزر أن 99,9% من الخفافيش قد انقرضت.