فراء الخفاش طويل وناعم كالحرير ورمادي اللون. لكن يوجد شواذ لونها أبيض باهت كالخفاش الشبح الذي يعيش في المناطق الاستوائية الأمريكية.أو الخفاش الأصفر الفاتح الذي يعيش في أفريقيا أو أسود كخفاش ذات الأنف الرمح (المسحوب)الذي يعيش في أمريكا الوسطي. والخفاش الملون له فراء قرمزي اللون وأجنحة سوداء وبرتقالية ليمكنه التخفي بين الزهور. ويوجد نوع واحد لا شعر له وعاري الجلد وكل شيء مكشوف فيه. وفراء الخفاش للتدفئة رغم أن الشعر بالوجه والأماكن المكشوفة يستقبل وينقل التأثيرات الحسية كشوارب القطط أو الفئران.يغطي الخفاش الفرو